日方报告：“攻占南京与南京虐杀事件”
作者：波多野澄雄 庄司润一郎
在参谋本部，作战课课长河边和参谋次长多田等人反对进一步扩大作战地区。部内就是否取消法定线及攻占南京问题，发生了激烈的争论。最终，还是华中方面军的再三要求使作战部的方针向攻占南京倾斜。
11月15日，第十军决定实行“独断追击”，开始进攻南京。华中方面军司令松井也表示赞同，给军中央施加压力。在参谋本部，参谋次长多田和作战课课长河边，寄希望于正在进行中的陶德曼调停，试图在攻占南京前通过和平谈判进行政治解决。但制止进攻是困难的，12月1日，向华中方面军下达了攻占南京的命令。12月10日，日本军开始向南京发动总攻，先头部队于12日突破城墙进入城内。13日，占领了南京。
其间，中国政府高官接连离开南京，居民也为了逃避战祸而躲到设置在市内的南京国际安全区（“难民区”）避难，此外，为了不让日本军队使用，很多的建筑物被中国军队烧毁。
国民政府于11月中旬召开的国防最高会议上决定迁都重庆，因蒋介石对于从首都南京撤退表示为难，故而决定固守一段时间。被任命为首都卫戍司令官的唐生智最初坚持死守南京，拒绝了松井司令官开城投降的劝告。但12月11日，他接到蒋介石撤退的指示后，12日就向各处防卫指挥官下令突破包围撤退。
但是，按计划撤退出来的部队甚少，多数被扬子江堵住退路，陷入混乱状态，许多残兵败将换上便衣，逃到“难民区”。
华北方面军鉴于上海战役以来频发的无军纪行为，对预定在南京陷落后进城的部队，下达了关于“特别严肃军纪风纪”的严格规定（“南京攻略要领”）。但是，日军还是对俘虏、残兵、便衣兵以及部分市民进行了集体的或个别的屠杀，强奸、掠夺和放火事件也频繁发生。日军的屠杀行为导致的死亡人数，据远东国际军事审判的裁决达20万人以上（对于松井司令官的裁判书上是10万人以上），1947年南京战犯审判军事法庭公布为30万人以上。中国的见解是以后者的判决为依据的。而在日本的研究中，则以20万人为上限，有4万人、2万人等各种推算。
对于牺牲人数的各种不同说法，其背景是对“虐杀”（非法杀害）的定义、所定地区、时期及埋葬记录、人口统计等资料的验证存在差异。
日军所犯下的暴行，在被外国媒体报道的同时，通过南京国际安全区委员会向日本大使馆进行的抗议以及上海总领事馆等的报告这些途径也传到了外务省，进而也传到了陆军中央部。结果于1938年1月4日，以参谋总长闲院宫的名义向松井司令发了一份少有的意见书——《关于深切期望振作相关军纪、风纪》。
关于引起虐杀的主要原因，被分析指出存在如下几点原因：因没有正式宣战而停留在“事变”的程度上，日本在对待俘虏的有关方针和占领后包括保护居民在内的军政计划方面有欠缺；维护军纪的宪兵人数少；无视粮食和物资供给情况而断然攻占南京，其结果引发了掠夺行为，诱发了军纪涣散的不法行为等。
战后，远东国际军事审判对司令官松井、南京战犯军事法庭对第六师团长谷寿夫，分别问责屠杀责任，判处死刑。另外，造成牺牲扩大的次要原因是，中国军队在南京防卫作战上的错误，以及其后放弃统一指挥、缺乏对民众的保护措施。
南京国际安全区委员长约翰？拉贝（John H. D. Rabe）针对唐司令官的“如此是否会出现无区别的士兵甚至普通市民的牺牲”的质疑，批判了毫不珍惜中国国民生命的国民政府、军队首脑之不负责任的行为。
占领首都南京使“胜利者”意识在日本朝野得以推广，对事变的善后处理及和谈条件也产生了巨大影响。近卫内阁在12月底的内阁会议上决定的《处理中国事变纲要》也反映了这种胜利者意识，谈到无论在政治上还是经济上都要将华北和上海周边置于日本的强大影响下。
