巩固政权 “戒残去杀”
伊犁起义以后，蔡乐善等人在迪化兵变，袁大化穷于应付，仓促东归，把新疆的军政大权交给了杨增新。杨增新跃登都督宝座的时候，西面伊犁依然同迪化对垒，南疆各地哥老会十分活跃，东路哈密铁木耳起义，北面阿勒泰处于“独立”的喀尔喀威胁之下。
杨增新自然想到的是怎样巩固自己的政权，据已故国民党骑兵连连长马符绶回忆，杨增新曾对自己的亲信说，要稳住新疆，必须“一面与伊犁联合，一面设法收拾南疆”。
于是，他首先同伊犁取得了妥协，以省级和地方级的要职任命于伊犁的人物，以此分散他们的势力。如伊犁革命党首脑人物杨缵绪被任命为喀什提都，伊方代表贺家栋、郝可权等人被杨增新饵以重金，也都解职东归。最后，留在伊犁的革命党人也被杨买通的地方武人杀害。不到两年，稍有革命思想和活动的人几乎全部被杨增新铲除。
而后，杨增新又采取“先离巢穴，后解兵权”的计策瓦解了哥老会，他用“调虎离山计”把边永福和魏得喜调迪化任职，等边、魏二人到省城后，他将魏遣送回内地，将边押回甘肃处死。就这样，到1916年，哥老会重要成员都被他消灭。
已故新疆省人民政府主席包尔汉回忆说，杨增新在执政之初曾说：善为政者，固然要“戒残去杀”，但是不能姑息养奸。对于对自己构成威胁的人，他从来都是当机立断，痛下杀手。
经过4年时间，到1916年，杨增新的政权终于转入稳定阶段。
包尔汉在他写的《杨增新统治时期》一文中阐述，杨增新留给包尔汉的印象是：内心阴鸷，善于机变。表面上没有官僚气派，平易近人，健谈，风趣，具有相当强的感染力。在兴奋或激动时，还偶尔吐露他的真实人生观和统治权术。
有一次，杨增新对几名部属大发脾气后余怒未息，他对包尔汉说：“你知道不知道，什么是地狱？”包尔汉说：“知道。”杨增新说：“这就是地狱，我在这儿被判了无期徒刑。”
由此可见，在那段动荡不安、危机四伏的日子，杨增新治理新疆并不轻松。
