群雄失驾，北洋军分裂为直、皖、奉三大派系，各自为政，明争暗斗。曹锟凭借自身雄厚的兵力，仍为北洋政府所倚重，9月任直隶督军，驻防保定。在吴佩孚的建议和协助下，曹锟大力加强军事训练，将自己的军队扩充成五个混成旅，积蓄势力，一枝独大。1917年7月1日，张勋复辟，段祺瑞组织“讨逆军”对之进行讨伐。曹锟看准时机，振臂响应，得任“西路讨逆军”总司令，以吴佩孚为先锋，一举击溃了张勋的三千“辫子军”。
此役结束，曹锟兼直隶省长，对吴佩孚的信任也更深了一层，也更加倚赖。帝制被推翻，共和国体制得到恢复，直系军阀的当家人物冯国璋当上了代理总统，段祺瑞重任总理职务。但由于北洋政府拒不肯执行《临时约法》和召开国会，孙中山在广东成立了护法军政府，组成湘桂联军准备北伐。段祺瑞决定推行武力统一政策，大发兵马南下镇压。曹锟任西路统帅，安排吴佩孚以代理第三师师长身份任前敌总指挥。吴佩孚用兵如神，连克岳州、长沙、衡阳等重镇。一时间，曹锟、吴佩孚的威名响彻天下，盛极一时。吴佩孚更被称人们为“常胜将军”。
就在人们以为直、皖两派军阀会一直亲密合作下去的时候，段祺瑞为了建立皖系的独裁统治，指使自己的亲信徐树铮在北京宣武门内的安福胡同成立了一个名为“安福系”的政客集团。而徐树铮野心勃勃，竟欲夺取直隶。这一来，曹锟大光其火，遂以养病为名离开汉口返回天津。他这一走，段祺瑞所拟定的援粤总司令张怀芝也从江西回济南，南征受挫；驻兵衡阳的吴佩孚跟着发出罢战主和通电，直皖两派的矛盾开始加剧。此后，吴佩孚还多次串联湖南前线南北将领联电反对段祺瑞的主战政策。段祺瑞一筹莫展，只好致书参议院主选曹锟为副总统，以此来笼络直系将领。但这并不能挽回什么，直、皖两派军阀的合作已经到头了。
因为，段祺瑞为了推行自己的“武力统一”政策，不惜把中国山东和东北地区的铁路、矿产、森林等权益大量出卖给日本，向日本大量借款。甚至为了讨好日本，他还准备签字通过巴黎和约里将战前德国侵占的山东胶州湾的领土，以及那里的铁路、矿产、海底电缆等统归日本，卖国以求荣。段祺瑞玩得太过分了！1919年5月4日，“五四”爱国运动爆发，段祺瑞从一个“三造共和”的英雄人物彻底沦落为人人喊打的卖国汉奸、民族败类。
这一年年底，冯国璋死去，曹锟被拥为直系军阀首领，直皖两派冲突继续。直系兵力相当强大了，已经从原先的5个混成旅扩大到了9个。国内“倒段” 呼声这么高，而自己的军事力量又已经具备，曹锟决定与段祺瑞决一雌雄，问鼎中央政权。第二年三月，吴佩孚等直系将领在曹锟的指挥下有次序地撤防北上。段祺瑞隐居团河，表面上闭门谢客，但野心不死，暗中调遣边防军集中北京一带，准备袭击吴佩孚。直皖之间的大战，一触即发。
为了争取到孙中山等人的支持，段祺瑞宣布废止中日军事协定，同意开南北和会。而这边的曹锟也加大取胜的筹码，不断派人游说东北奉系军阀张作霖与自己合作。张作霖本有染指长江流域、雄霸中原之心，又是曹锟的儿女亲家，没有拒绝的理由。出发前，他试探曹锟说：“老段实力比你强，和他打，有没把握？”曹锟是这样回答的：“我没有把握，但子玉（子玉为吴佩孚的字）说有把握，子玉的把握就是我的把握。”这一句话，将曹锟对吴佩孚的倚重信赖之情彰显无遗。随即，张作霖与曹锟及其他一些军阀结成八省反皖同盟。
