20世纪50年代，日本学者曾经组织各地大学的解剖学教授对各大学的男女学生的头骨进行测量分析，结果表明现代日本人的头骨指数与中国浙江、江苏、安徽、福建等省非常接近，由此认定日本人祖先曾经居住在中国的东海沿岸。这在一定程度上为徐福就是神武天皇的说法提供了证据。1980年，九州岛在日本的“天皇诞生日”举行了隆重的“徐福大祭”，祭歌中有这样的歌词：“两千年悠久的历史啊！欢欣庆祝神社的祭典，奉秦始皇的命令，率领童男童女，徐福一行在明海的寺井湾登陆，劈开茂密的芦苇向前迈进。”徐福的登陆地点，可能在今新宫市东北数里的波多须浦，此处至今又名“秦住”“秦须浦”，并留有秦氏后裔。波多须浦面临太平洋，自古以来就是船舶出入的港口，有关徐福的遗迹如徐福祠、徐福冢等，都在这里。
但是，也有很多学者对徐福到过日本的说法提出疑问。他们认为，由于技术水平的限制，徐福的船队很难战胜海洋上的狂风恶浪，不可能到达遥远的日本岛屿，而可能是渤海湾的小岛。他们认为徐福东渡日本纯粹是牵强附会，日本神武天皇只是神话人物，与徐福根本没有什么关系。新宫市的徐福遗迹也只不过是后世的伪造。他们还进一步考证说，徐福东渡日本的传说产生于十世纪左右的日本，随着中日交流的频繁，日本僧人把有关徐福的传说带到中国。到了宋代，中国人已对此深信不疑，于是以讹传讹，直到今天。
就目前情况来看，徐福东渡的疑问仍然没有找到答案，这恐怕是司马迁写《史记》的时候所没想到的。可以说，虽然徐福东渡已经是两千多年前的旧事，但仍然是源远流长的中日交流史上的一个重要课题。
