撤销帝制后，袁世凯分别任命段祺瑞、徐世昌为参谋总长、国务卿。两人加上同样对帝制持反对态度的副总统黎元洪，联名致电负责南方护国军的蔡锷等人，声明帝制取消，西南起兵的目的已经达到，希望他们停战善后。
可是外界舆论并不肯就此放过袁世凯，无论西南独立各省，还是尚未独立的省份，都认为他的称帝之举有负民国，帝制取消后，连总统也不能当，应该马上退位。后来南方护国军甚至提出了更为苛刻，也更令袁世凯无法接受的条件，其中不仅要求将袁世凯逐出国外，还包括了“处决帝制祸首十三人”、“查抄袁氏及帝制祸首十三人的财产”以及“剥夺袁氏子孙三世的公民权”。
负责交涉的徐世昌虽然资格老，地位高，但他对北洋系和南方的反袁运动实际没有多少影响力，蔡锷等人提出的要求让他左右为难，于是申请辞去国务卿。袁世凯知道他无能为力，也不再勉强，转而决定让段祺瑞代替徐世昌。
段祺瑞在北洋系中拥有很高威望，同时护国军方面也把他视为一个当仁不让的实力派，不敢予以轻视，蔡锷回云南之前就曾拜访段府，由他来与西南交涉是袁世凯不得不做出的选择。
1916年3月23日，段祺瑞被任命为国务卿兼陆军总长。按照段祺瑞的想法，他此时的地位和作用就好比是辛亥革命时的袁世凯内阁，一定要有实权，而不是一个橡皮图章，否则只会一事无成。
袁世凯取消内阁，设置政事堂和国务卿，是把后者作为他的办事机构以及办事人员。段祺瑞当然不会满意，他要求改政事堂为责任内阁制，改国务卿为总理。
袁世凯是个把权力看得很重的人。他生平最恨的就是责任内阁制，知道那样一来，内阁将掌实权，总统就被架空了。当初宋教仁要搞责任内任制，他知道后每天觉都睡不好，饭也吃不香，直到宋教仁被暗杀才松了口气。
换在其它时候，袁世凯是死也不肯交权的，只是时移势易，一切都由不得他了。5月8日，袁世凯正式下令取消政事堂，恢复国务院和总理名称。
段祺瑞组阁后，首先想到的就是起用徐树铮担任国务院秘书长。考虑到袁世凯非常不喜欢徐树铮，两人还曾因此闹过几次不愉快，段祺瑞便请张国淦去向袁世凯进言。
袁世凯听后果然很不高兴，他恨恨地说：“真是笑谈，段总理是军人，徐某亦军人，以军人总理而用军人秘书长，这里是东洋刀，那里也是东洋刀，太不像话！”
张国淦受段祺瑞之托，不能不婉言相劝，袁世凯这才让了一步：“总理若以徐某之才可用，不妨令其为陆军次长。”
徐树铮是段祺瑞的“灵魂”，碰谁都可以，就是不能碰他。张国淦向段祺瑞复命，话还没有说完，段祺瑞便猛地将桌子一拍：“就是不肯答应罢！”
随后，他又把衔在嘴里的烟斗使劲甩在桌上，怒气冲冲地说：“到了今天，还是如此！”对袁世凯的不满之情溢于言表。
胳膊扭不过大腿，最后徐树铮只当了国务院的帮办秘书。除此之外，为进一步加强内阁的权力，段祺瑞要求撤销大元帅统率办事处等三大机构，袁世凯非但不肯撤，还让梁士诒等人暗里地予以掣肘，段祺瑞得知后自然更为生气，但一时也无可奈何。
