这几点《琅琊榜》是没有的，因此《军师联盟》的这几个记录让《琅琊榜》望尘莫及。很多人还拿《军师联盟》和《琅琊榜》做比较，其实没必要，毫无疑问《军师联盟》绝对要比《琅琊榜》捞钱狠，尤其是优酷，完全就是想钱想疯了。
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剧中出现的“月旦评”“衣带诏”等内容令观众长知识之余，名医华佗的两次治病过程也引发争议：首集一开场，华佗给难产的司马懿之妻张春华喝下麻沸散，然后亲自主刀剖腹产；随后曹操头病发作，华佗建议实行开颅手术，因而引发杀身之祸。观众质疑：“那时候就有剖腹产和开颅手术了吗？我是不是穿越了？”
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此前的历史剧，很少涉及司马懿的家庭生活，司马懿与妻子张春华的感情在《军师联盟》中有相当分量的戏份。刘涛在剧中饰演张春华一角。历史上华佗发明过麻沸散，但华佗到底能不能做剖腹产手术，学术界至今意见不一。有妇产科专家就表示，历史上中医没做过剖腹产手术，第一例是西医做的。
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对此，《军师联盟》导演张永新给予了回应：“这并不是完全意义上的历史正剧，但是这些剧情也不是完全虚构的。我们的编剧对此也做了详尽的考证，关于剖腹产手术的记载在商以前就有过了，可以确认的是，两汉时期有这一概念。”在他看来，尽管历史当中并没有记载华佗做了这类手术，但作为戏剧创作的需要应该是可以的。
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历史上，曹操犯头风病请华佗医治确有其事。华佗应召前来诊视后，在曹操胸椎部的鬲俞穴进针，曹操片刻便脑清目明，疼痛立止，十分高兴。但华佗却对曹操如实相告：“您的病，乃脑部痼疾，近期难于根除，须长期攻治，逐步缓解，以求延长寿命。”有医学专家认为，华佗具备开颅手术的技术不太可能，“中国人受儒家思想影响深重，认为身体发肤受之父母，不会接受开颅之类的外科手术。”
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在多部以“三国”为题材的电视剧中，华佗为关羽刮骨疗伤的情节让观众印象深刻。但在医学专家眼里，“这个故事其实是虚构的”。北京中医药大学教授刘景源表示：“根据《三国志》记载，华佗去世是在建安十三年（公元208年），关羽刮骨疗毒事件发生在建安二十四年，所以，刮骨疗毒不可能是华佗做的。”因此许多专家认为，由于华佗是当时最有名的医生，《三国演义》便把这一事件写到华佗身上。
